Non sono per niente la stessa cosa.
In un caso hai un disco partizionato con due filesystem differenti leggibili dai singoli OS (come avere due dischi differenti ma dentro la stessa "scatola"), nell'altro hai un singolo filesystem leggibile da entrambi (che è stata la tua richiesta iniziale ed è quella che complica le cose).
Il tuo problema è appunto la formattazione del disco, e il fatto che Mac e Win ne usino due diverse.
Comunque poco male... Poi hai scritto quel che segue, ed è sicuramente più gestibile.
Beh, questo lo puoi sempre fare: un disco per il Mac, uno per Win, e hai sempre vinto (in pratica ti sei fatto due dischi di backup).
Hai pensato ad un servizio online?
Tipo: Dropbox - Simplify your life
(Comunque se vuoi provare, cerca con la tua macchina il programma per formattare l'unità esterna, e prova a cercare NTFS. Se c'è, stai molto in occhio e formatta solo l'unità esterna, poi vedi se riesci ad accedere con entrambi gli OS.)