Il balcone è una "sporgenza" fuori dalla sagoma volumetrica dell'edificio
Il lastrico solare o terrazzo è una "copertura" di una volumetria sottostante, quando dici che per il 90% copre il tuo balcone significa che il restante 10% è la copertura della tua abitazione.
A questo punto è materia legale, comunque un ragionamento sensato porterebbe a dire che tu e gli altri condomini dovreste contribuire in quota solo per il 10% del "lastrico solare".

Mentre per quanto riguarda i lavori da effettuare, partendo dal presupposto che ci stai descrivento tu la situazione, basta eliminare le piastrelle, rifare l'impermeabilizzazione e rimettere le piastrelle...non vedo la necessità di eliminare il massetto della pavimentazione. In questo periodo soto le piastrelle solitamente come impermeabilizzazione si usa il Mapelastic o Schluter Ditra