Con Ubuntu è il meotodo più sicuro e non è nemmeno difficile, la formattazione purtoppo per chi come me ha un mare di dati importanti è sempre un macello.
C'è un altro metodo, ma è complicatino, dovresti fare partire windows in modalità provvisoria, premendo F8 e poi andare a scovare i file infetti nel registro di windows ed eliminarli uno, ad uno.