Per quanto ne so io, puoi sostituire parti originali con accessori after market omologati e non incorrere in alcun problema solo se tali accessorinon vanno ad influire su architettura, ciclistica e prestazioni della moto. Quindi puoi cambiare gli specchi, frecce, portatarga, etc. etc. se, e solo se, rimangono nelle posizioni originali. Tutte le altre modifiche, devono essere segnalate alla motorizzazione, che dovrebbe rilasciarti un foglio integrativo al libretto (integrativo, quindi le modifiche non dovrebbero risultare sul libretto, così in futuro avresti la possibilità di tornare all'assetto originale del mezzo senza dover tornare nuovamente in motorizzazione).
Io ad esempio ho spostato le frecce anteriori dal radiatore (dove non mi piacciono per niente) e le ho posizionate tra i fari e il cupolino, al posteriore invece ho montato un portatarga (regolare per quanto riguarda altezza da terra e inclinazione) al monobraccio, montando su quello anche le frecce posteriori; in entrambi i casi dovrei farmi rilasciare questo pezzo di carta che mi autorizza a circolare con tali modifiche.
Lo stesso discorso vale per alcuni scarichi, vedi Lavizzari (come il mio), Zard, Arrow, e comunque tutti i singoli che vanno ad alterare lo scarico originale (dal doppio alto al singolo basso); se invece sostituisci i terminali originali con altri due terminali omologati, lasciandoli in posizione originale, non ti dovrebbero dire nulla.
In teoria, questo discorso vale anche per pompe e pinze freno, sospensioni, etc. etc., sembra un'assurdità, ma anche se tali modifiche apportano migliorie notevoli al mezzo anche sotto l'aspetto della sicurezza, possono multarti perchè hai alterato l'impianto frenante, perchè perla legge i tuoi freni risultano "alterati", non "migliorati".
Ovviamente mi riferisco solo ed esclusivamente ad articoli omologati, se parliamo di scarichi liberi o microspecchietti, non ci si può far nulla.

Quanto sopra, per lo meno, è quel che m'hanno spiegato, per ben due volte, i vigili... pardon, la polizia provinciale di Bergamo.