da quello che ho capito , ma non è molto chiaro, sembrerebbe che sia tutto normale

se visualizzi il risultato del backup sotto dos non vedrai le cartelle semplicemente perchè il concetto di "cartella" è stato introdotto con windows

in DOS esisteva il concetto di path (in italiano : indirizzario) che è un concetto molto simile che viene rappresentato , appunto, col nome di un file senza estensione

ripristinando il contenuto del backup sotto windows dovrebbe ritornare tutto normale