A prescindere dal merito del lodo alfano (che si può discutere ovviamente) il principio di retroattività è un comune principio nel sistema penale: se entra in vigore una norma più favorevole vengono attratti anche i fatti ed i processi pendenti.
Inoltre, sempre a prescindere dal merito complessivo, è ovvio che ricadano nell'operatività fatti antecedenti l'assunzione della carica. In caso di utilizzo deviato dell'azione penale è molto più facile e naturale che si tenda a colpire atti/comportamenti antecedenti all'assunzione della carica sia perchè si vuole gettare discredito prima della nomina che dopo la nomina per delegittimare chi ha assunto la carica.
Premetto che il mio è un ragionamento puramente teorico-giuridico che non intende riferirsi al caso di Berlusconi.